在中医学医方的发展方面，清代的发展特点大致与本草学相似。最富有代表性的医方著作，有《医方集解》、《成方切用》、《汤头歌诀》和《验方新编》等。
《医方集解》，汪昂撰。汪氏为何要撰《医方集解》呢？在《本草备要》的凡例中他说：“是以特著此编(指《本草备要》)，兼辑《医方集解》一书相辅而行，篇章虽约，词旨详明，携带不难，简阅甚便，倘能人置一本，附之箧笥，以备缓急，亦卫生之一助。”可见汪氏撰此，是作普及本草学知识的姐妹篇，使本草、医方学相辅相成。正是作者在此思想指导下，在撰写《医方集解》时，深感明代吴鹤皋《医方考》虽然“文义清鲍，同人脍炙”，但却是“一家之言，其于致远钩深，或未彻尽，兹特博采广搜，网罗群书，精穷蕴奥，或同或异，各存所见，以备参稽，使探宝者不止一藏，尝鼎者不仅一脔。几病者观之，得以印证，用者据之，不致径庭……”。由上来看，汪氏之用心可谓良苦矣。他在力求简明切要，向读者提供尽可能多的各家有关方剂学的论述和实践经验。因此，该书刊行后300多年来颇得许许多多医家和病家的欢迎和好评，先后刊行达约60次之多。
汪昂的另一著作《汤头歌诀》，是把治疗疾病常用处方之药物组成和主治功用编成歌诀，用以帮助学习掌握的人易于背诵和记忆。共选用常用方剂300多首，编成200多首七言歌诀，分为补益、发表、攻里、涌吐等类，每方附有简要的注释。1694年刊行后，不但刊行次数很多，流传甚广，而且有许多医家以《汤头歌诀》为基础，予以注释、发挥、续编，据已知者有10余家。此外。仿效其体例，编写医方歌诀者更是不计其数。
讲到医方的普及，我们必须提到《验方新编》。作者是鲍相璈，编成于1846年，虽然不是方剂学著作，但也是以医方为内容的专书。从学术价值上讲，它在中医方剂学发展史上不一定能占什么地位，但从流传广度上恐怕要占第一位。根据收入全国中医书联合目录之统计，该书从1846—1955年间刊行的各种本子竟达110次，平均不到1年即刊行一次。特别是19世纪末，平均每年竟有2～3种不同刊本问世。
素问、灵枢经、难经本义、类经、内经知要
伤寒论、类证活人书、注解伤寒论、伤寒明理论、伤寒论注、伤寒贯珠集、长沙方歌括
金匮要略方论、金匮方论衍义、金匮要略心典、金匮方歌括
瘟疫论、痧胀玉衡、广瘟疫论、外感温热病、疫诊一得、温病条辨、温热经纬、随息居重订、霍乱论、六因条辨、伤寒瘟疫条辨、时病论
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神农本草经、雷公炮炙论、珍珠囊补遗药性赋、汤液本草、本草备要、得配本草、本草纲目拾遗 、本草纲目
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素问玄机原病式、宣明方论、内外伤辨、脾胃论、兰室秘藏、医学发明、阴证略例、十药神书、内科摘要、杂病论治准绳、济阳纲目、痰火点雪、症因脉治、理虚元鉴、傅青主男科、金匮翼、风劳臌膈四大证治、医醇胜义、血证论、中风斠诠 、刘涓子鬼遗方、卫济宝书、外科精要、外科精义、外科理例、解围元薮、疮疡经验全书、外科启玄、外科正宗、霉疮秘录
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